A fogak koronájának, és gyökereinek belsejében egy összefüggő üreg található. Normális esetben, ebben az üregben ér és idegszövet található, mely a fog gyökerének csúcsán található nyíláson keresztül kapcsolatban van az állcsont ér és idegszöveteivel.

Ebben az üregben gyulladás keletkezhet ha a szájüreg felől baktériumok jutnak be a fog belsejébe, például szuvasodás miatt, a zománc és dentin nagyfokú kopása miatt, illetve sérülhet az idegszövet vérellátása trauma, baleset következtében.

Ennek következtében a fog belsejében található idegszövet elhal, elrothad, vagy egy gyulladásos folyamat kezdődik el. A beteg fog egyes esetekben  heves fájdalmat okoz, viszont előfordulhat, hogy a fent említett elváltozások nem járnak panasszal, ami nem jelenti azt, hogy a fog ne szorulna ellátásra.

Gyökérkezelés során a gyulladt, elrothadt szöveteket el kell távolítani, a csatornákat ki kell fertőtleníteni, és alkalmassá kell tenni azokat a megfelelő gyökértömés elkészítéséhez. A gyökerekben lévő fő csatornákon kívül találhatóak mellékcsatornák, illetve a gyökér csúcsán a csatorna nem egy járatban végződik, hanem több ágra válhat szét. Ezen oldalágak, és oszlások feltágítása teljes mértékben lehetetlen, ezért alkalmazunk fertőtlenítőszereket, hogy a fogban ne maradjanak gyulladáskeltő baktériumok és azok toxinjai. Ennek ellenére előfordul, hogy a gyulladás nem múlik el a fog körül, így a fogból és környékéről ezek a gyulladáskeltő faktorok eljutnak más, távolabbi szervekbe, és ott problémát okozhatnak (gócbetegség).

A gyökértömés elkészítése után a fogat folyamatos kontroll alatt kell tartani, ugyanis a fog gyökere körül kialakult gyulladásos elváltozás nem minden esetben múlik el. Ilyenkor a gyulladás megszűntetésére sebészi kiegészítő beavatkozást kell végezni. Abban az esetben, ha nem volt gyulladás a gyökér körül a fog után követése ilyen esetben is rendkívül fontos .

A gyökérkezelés szó hallatán a legtöbb ember megijed, hiszen hallott már sok szörnyű történetet ismerőseitől, pedig a helyesen kivitelezett kezelés teljesen fájdalommentes eljárás.